پارک ملی کویر ابتدا در سال ۱۳۴۳ به عنوان منطقه حفاظت شده با مساحتی بالغ بر ۶۰۰ هزار هکتار تحت مدیریت کانون شکار ایران درآمد و در سال ۱۳۵۴ تمامی مساحت قبلی به پارک ارتقاء سطح یافته و به عنوان ذخیرهگاه زیست گاه به دبیرخانه یونسکو معرفی شد و بالاخره در سال ۱۳۶۱ این منطقه به دو قسمت پارک ملی و منطقه حفاظت شده که بخش جنوبی و جنوب شرقی آن با مساحت ۴۴۰ هزار هکتار شامل سیاه کوه، نخجیر و سفید آب تحت عنوان پارک ملی ابقاء گردید.
از جمله گونههای جانوری این منطقه میتوان به قوچ و میش، کل و بز، جبیر (از گونههای شبیه آهو)، گور خر آسیایی، گرگ، کفتار، روباه شنی، گربه شنی، گربه کاراکال و انواع خزنده گان مانند مار افعی شاخدار و ... اشاره کرد. پارک ملی کویر همچنین زیستگاه گورخر آسیایی است.
تعداد ۹ راس جمعیت اولیه گورخرهای آسیایی بوده است؛ که در حال حاضر ۱۶ رأس در این منطقه زیست میکنند. پوشش گیاهی غالب درمنه، کاروان کش، پرند، قیچ، تاغ، گز وانواع گندمان یک ساله و انواع گیاهان شور پسند است. اکنون مدیریت پارک ملی کویر به عهده اداره کل حفاظت محیط زیست استان سمنان است.